A sua vocação sempre foi a evangelização e, através da Ordem, pôde prestar muitos serviços.

Com o propósito de continuar com o seu trabalho evangelizador, Francisco Solano foi para a América Latina, fixando-se em Lima, capital do Peru. Ao longo dos anos, Solano também passou pela Argentina, Chile, Paraguai, Andes, entre outras localidades da América do Sul.

Francisco Solano morreu em 14 de julho de 1610, aos 61 anos de idade. A sua canonização, no entanto, somente foi realizada em 1726, pelo Papa Bento XIII.

São Francisco Solano é considerado o padroeiro das missões, de acordo com a Igreja Católica.